En 2005, la arquidiócesis de Santa Cruz presentó el libro La Iglesia en Santa Cruz: 400 años de historia (1605-2005). Esta obra es un recorrido por la historia de las misiones jesuíticas en el oriente boliviano durante la conquista española.
Comienza abordando el tema de la gobernación de Santa Cruz de la Sierra, división territorial establecida para la zona de los llanos. Fue creada en 1560 por el virrey del Perú, don Andrés Hurtado de Mendoza, y comprendía los actuales territorios de Moxos, Chiquitos y Matogroso.
Un hecho clave en este contexto fue la fundación de la ciudad de Santa Cruz de la Sierra el 26 de febrero de 1561, con el objetivo de descubrir a los indígenas moxos. Esta fue la única ciudad de la gobernación cruceña durante la segunda mitad del siglo XVI, puesto que otros intentos de consolidar ciudades habían fracasado por la hostilidad de los nativos.
Santa Cruz fue una zona alejada del resto del virreinato y prácticamente marginada. Su carencia de minerales y su lejanía del centro de decisión provocó un escaso interés de las autoridades por esta región. No por nada se llamaba también a la ciudad San Lorenzo de la Frontera: se enviaba allí a los desterrados de la justicia, condenados a galeras o a penas de muerte, para servir como soldados.
Sus pobladores, los soldados, tenían como primera tarea la defensa y como segunda las ocupaciones sociales y productivas. Santa Cruz era un baluarte contra los ataques de indios chiriguanos y yuracarés, además de mamelucos portugueses. A partir de 1640 y hasta comienzos del siglo siguiente, la región mejoró progresivamente, sobre todo gracias a la apertura de las reducciones de Moxos y Chiquitos.
Aarón Mariscal Zúñiga, Círculo San Juan Bautista.
